Dans le golfe d'Oman, un appareil américain est abattu par un missile terroriste. Une équipe des Navy Seals, commando d'élite américain, délivre les pilotes prisonniers, sans avoir toutefois le temps de détruire la base ennemie. Ils mèneront cette mission à bien par la suite, au cours d'une redoutable opération...
Un commando de la Marine américaine débarque à bord de la station de forage sous-marine DeepCore, afin de porter secours à un sous-marin échoué dans les profondeurs. L'équipe de Bud Brigman accueille ces nouveaux arrivants, ainsi que Lindsey, future ex-femme de Bud. Alors que les travaux de récupération commencent autour du submersible naufragé, l'équipage de DeepCore doit faire face à des phénomènes inexpliqués. Et s'ils n'étaient pas seuls, dans les abysses?